武漢大學電子顯微鏡中心屬開放型的科學研究機構，依託物理科學與技術學院、化學與分子學院、生命科學學院。
掛靠物理科學與技術學院管理。該中心的成立，對發展電子顯微學及其在納米科技、材料科學、物理學等領域的套用，推動技術創新，多學科的交叉融合，提高我校的科技實力具有重要意義。
中心既要從事以定量電子顯微學及其在固體物理學和材料科學中的套用為重點的高水平的電子顯微學和衍射物理的新理論、新技術的研究，又要為納米科技、凝聚態物理學、晶體學、材料科學與工程、固體電子學、機械學、地學、礦物學、生命科學等研究領域的項目服務，對有關物質在納米尺度的精細的原子結構、電子結構、化學成分、形貌等進行高水平的表征。
中心遵循“高效、精幹、開放、流動”的原則，努力建設成為一個開放式的、學術上有特色的、在國際上有重要影響的實驗室，一個學術型人才的培養基地，一個能在原子水平上進行超微結構研究的、設備和儀器配套完善、達到或接近國際水平的滿足其它學科對於超微結構分析的需要的科研服務平台。
