為適應國家網路空間安全的重大戰略發展和建設高質量多層次網路空間安全科研人才隊伍需求，東南大學將信息與通信工程、計算機科學與技術和數學等3個一級學科的相關資源集成，積極開展網路空間安全的人才培養與科學研究，2016年獲得首批網路空間安全一級學科博士授權點，同年成立了以於全院士為院長的網路空間安全學院。學院依託學校優勢資源，努力匯聚國內外高端人才，建立高水平師資隊伍，積極走開放辦學之路，與業內知名企業合作辦學、共建共享，全力推動網路空間安全學科與人才培養工作，逐步形成了網路人才培養、技術創新、產業發展的良性生態鏈。
學院現有專任教師62人，其中教授21人，副教授25人，講師16人，56人具有博士學位。網路空間安全師資隊伍中，中國工程院院士3人，IEEE Fellow 1人，教育部“長江學者獎勵計畫”青年學者1人，中組部“萬人計畫”青年拔尖人才1人，國家優秀青年基金獲得者2人。
學院已經建立了本科生、碩士生到博士生完整的人才培養體系，出版了《計算機網路安全導論》、《網路與信息安全》、《信息安全》和《網路信息安全理論與技術》等多部教材，獲教育部全國普通高校優秀教材二等獎1項。目前學院在讀博士生54人，在讀碩士生273人。
學院建有江蘇省網路與信息安全重點實驗室，並與信息學院、計算機學院共建移動通信國家重點實驗室、國家“2011計畫”無線通信技術協同創新中心、計算機網路和信息集成教育部重點實驗室等科研基地，開展網路空間安全研究工作，在網路空間監測與防護、網路空間匿名通信與隱私、無線通信網安全技術、工業控制系統安全、物聯網安全、大規模複雜網路安全等方向形成了自己的研究特色。近五年，主持與網路空間安全有關的科研項目59項，其中國家863項目5項，國家自然科學基金項目12項，國家發改委信息安全重大專項1項，國家重點研發項目3項，取得了一批具有世界前沿水平的研究成果，獲得國家自然科學二等獎1項。
2017年9月16日，東南大學獲授牌“一流網路安全學院建設示範項目高校”，在同時授牌的7家高校中位列第2名。
2018年5月20日，東南大學網路空間安全學院在九龍湖校區正式揭牌。
