Bissett (1984，1991a，1991b，1991c，1992；Gams &Bissett，1998)修訂了Rifai的集合種分類方法，主要依據是形態特徵的細緻判斷，將形態學標準擴展到了更大的範圍，包括了某些Hypocra種類無性型所具有的形態學變化，同時還吸納了以前鑑定Gliocladium時採用的一些形態特徵；還建立了五個屬下分類單元（Bissett，1991a）即組：Longibrachiatum、Pachybasium、Trichoderma、Saturnisporum和Hypocreanum。分子工具在真菌分類中的出現，促使研究人員在上世紀90年代中期重新審視基於形態學的木霉分類系統。G.J. Samuels (Beltsville，MD，USA)、T. Börner (Berlin，FRG)和C.P. Kubicek (Vienna，Austria)實驗室合作，率先對Bissett的Longibrachiatum組進行了修訂，他們使用的技術包括多種分子標記技術(ITS1和ITS2序列分析，RAPD)，生理學（同工酶分析）和表型特徵，並且首次包括了該組Trichoderma種類可能的有性型作為研究對象(Kuhls et al.，1996；1997；Samuels，1996；Samuels et al.，1998；Turner et al.，1997)。結果是，Longibrachiatum組在系統發育上是獨立的，並且包括10個分類單元，其中有4對為無性-有性關係：H. schweinitzii/T. citrinoviride、H. pseudokoningii/T. pseudokoningii、H. jecorina/T. reesei和H. orientalis/T. longibrachiatum。還進一步將Saturnisporum組（只包括兩個種即T. saturnisporum和T. ghanense (Doi et al.，1987)）合併在Longibrachiatum組中，確認T. ghanense為T. parceramosum的同義名。但是，總體上來說Bissett (1984)所建立的Longibrachiatum組的概念得到確認，表明木霉的形態分類和分子分類技術之間具有密切關係。Longibrachiatum組是木霉中較小的組，系統發育上與其他組的關係比較遠。當研究木霉中較大的組時，形態特徵與分子系統發育之間的關係就變的複雜。Kindermann et al.(1998)第一次試圖分析整個木霉屬的系統發育，採用的方法是對rDNA的ITS1區進行序列分析，發現Pachybasium組實際上是並系的（paraphyletic）組群或者分類單元。這一結果被後來用多個基因進行的研究結果所證實(Kullnig-Gradinger et al.，2002；Chaverri et al.，2003b)。值得注意的是，按照這樣的結果，所命名的Pachybasium組模式菌株Pachybasium hamatum(Bonord.)=T. hamatum不再是兩個Pachybasium進化枝中主要分枝(clade B)的成員(Kindermann et al.，1998)，在一個進化枝中的簇加上T. pubescens和T. strigosum幾乎包括了Trichoderma組所有的種類(T. aureoviride除外)。由於Pachybasium的A和B進化枝之間形態學上缺乏明顯的界限(Kindermann et al.，1998)，現在還用Pachybasium來命名這兩個進化枝。除了上述三個種外，Pachybasium B包括了Bissett (1991b)歸類到該組的所有分類單元。另外，Pachybasium B的問題是有些種類遺傳變異非常明顯，例如T. harzianum。由於在田間發現的該組種類占據了大多數(Kullnig et al.，2000；Kubicek et al.，2003；Wuczskowski et al.，2003；Gherbawy et al.，2004；Druzhinina et al.，2004b)，因此如何鑑定該組種類就成了一個重要問題。
總起來說，木霉（Trichoderma）具有透明的瓶梗，產生於外露的可育菌絲分枝或者分生孢子梗上，分生孢子一般光滑，很少有飾物，典型形狀為橢圓形至近似長方形，很少為球形，大多數為綠色或者透明，很少為黃色。如果產生厚垣孢子，其典型形狀為球形至亞球形，產生於菌絲中間或者菌絲尖端。在T. stromaticum Samuels中，後垣孢子則包含細胞球，也能形成典型的厚垣孢子(Samuels et al.，2000)。Trichoderma virens (Miller et al.) Arx 的部分特徵是在純培養條件下形成大量的厚垣孢子(Chaverri et al.，2001a)。
19世紀中期，已經發現了木霉與肉座菌（Hypocrea spp.）之間的關聯(Tulasne，LR.，Tulasne，C. 1865)，Doi et al.（1979）提出已知木霉的有性階段與子囊菌綱Hypocrea，PodostromaKarst和Sarawakus密切相關，Rehner & Samuels (1995)以及其他學者(Chaverri，Castlebury，Overton，Samuels，2004; Kullnig-Gradinger，Szakacs，& Kubicek，2002)則發現，有些木霉的種類，以及其他尚未發現相關有性型的非木霉屬的某些成員，僅依據其有性階段難以相互區別。後來通過更多的野外觀察工作逐步發現，很多木霉的種類與肉座菌有關，肉座菌為木霉的有性型，例如T. harzianum以及H. lixii的無性型(Chaverri & Samuels，2003)，T. virens，H. virens的無性型等(Chaverri，Samuels & Stewart，2001)。但是，一些分布廣泛並且重要的種類，例如T. asperellum，至今還沒有發現有關的有性型，因此屬於無性繁殖的類型（Samuels，2006）。從目前的研究資料來看，多數木霉種類的有性階段屬於肉座菌屬真菌。由於木黴菌的分生孢子在人工培養條件下很難形成有性階段的子實體，木黴菌研究專家運用包括等位酶技術、RAPD、UP-PCR、DNA指紋和序列分析技術在內的分子生物學方法，通過比較木黴菌與其有性型真菌(主要是肉座菌屬)DNA 序列的相似性程度，來判斷兩者的無性型與有性型的關係（Samuels et al.，1994，Leuchtmann et al.，1996；Zimand et al.，1994；Lübeck et al.，1999；Meyer et al.，1992）;從肉座菌屬的子囊孢子開始培養，雖然形成了類似木黴菌的菌落，但很多菌株難以鑑定到木霉屬內的種（Dodd et al.，2002）。
Hypocrea 於1825年由Elias Fries首先描述，其描述基礎是產生透明子囊孢子的Sphaeria rufa Pers.：Fr.。現在，該屬的模式種位Hypocrea rufa (Pers. ：Fr.)Fr.。Hypocrea 的主要特徵是子囊殼包埋在肉質的子座中，子座由擬薄壁組織或者高度緊密排列的菌絲組成。Hypocrea 發育早期具有8個具有1個分隔的子囊孢子，然後在隔膜處兩個細胞相互脫離，產生16個分子囊孢子。雖然從隔膜處發生斷裂現象是該屬的顯著特點之一，但是其他屬的真菌例如Aphysiostroma、Arachnocrea、Dialhypocrea、Podostroma、Protocrea、Pseudohypocrea以及Sporophagomyces，也具有斷裂產生的子囊孢子(Rossman et al.，1999)。新近的DNA序列研究表明，Podostroma以及Protocrea與Hypocrea同系。Podostroma包括的種類具有直立的子座柄。一些研究發現Podostroma與Hypocrea之間具有相似性，其主要差別在於前者的子座具有柄(Boedijn，1934；Doi，1966；Rossman et al.，1999)。Podostroma其他方面的特點，例如子座組織，子囊殼以及無性型的形態，還有生態特點等，與Hypocrea沒有明顯區別。Aphysiostroma、Arachnocrea、Dialhypocrea、Pseudohypocrea以及Sporophagomyces等，與Hypocrea相似，都具有斷裂的子囊孢子，有性型和無性型的形態也較獨特，其中最為顯著的現象是，Arachnocrea，Pseudohypocrea，和Sporophagomyces的子囊孢子為雙錐形。Arachnocrea和Sporophagomyces則為真菌寄生類型。最近的分子系統發育研究表明，Aphysiostroma和Arachnocrea位於Hypocreas. str.的基部(Põldmaa et al.，1999，Zhang & Blackwell，2002)。Hypocrea pallida Ellis & Everh是廣義Aphyllophorales類群的寄生物，由於具有2個細胞的子囊孢子，以及子囊殼包埋在假子座或菌絲層中，從而被置於Hypocrea屬。但是，H. pallida的無性型為粘帚霉類型，與G. penicillioides Corda相似，後者為Gliocladium的模式種，也與Sphaerostilbella aureonitens (Tul.)Seifert et al.相似。分子研究表明，相對於Hypocrea來說，H. pallida與Hypomyces以及Sphaerostilbella的關係更加密切(Põldmaa et al.，1999)。
以子座的解剖學特點為主要依據，參考無性型以及子囊孢子的著色情況，Doi建議了一個Hypocrea的屬下分類系統。依據有性型的特點，Doi描述了兩個亞屬，即H.subg. Heterocrea和H.subg. Hypocrea。在H.subg. Hypocrea中，又定義了兩個組，即H. sect. Homalocrea和H.sect. Hypocrea。Doi (1972)又確立了亞組H. subsect. Creopus，屬於亞屬H.sect. Hypocrea，並把大多數Hypocrea具有綠色子囊孢子的種包括在其中。在這個亞組中，他又將種區別為3個“人工組”，即Aureoviridis、Cornea和Gelatinosa，其分組依據是子座類型和分生孢子梗的分枝類型。Aureoviridis組的種類，其子座脆而易碎，表面一般沒有突出物，無性型為木霉（Trichoderma）或者厚基孢（Pachybasium）類型(Bissett，1991a、b)。Cornea組的特徵是其子座為革質，無性型為近似輪枝菌（Verticillium）類型。Gelatinosa組的特點是子座脆而且易碎，一般具有表面突出物，無性型為Gliocladium類型。近期的傳統和分子研究結果顯示，具有Trichoderma、Pachybasium、Gliocladium或者Verticillium類型的無性型的Hypocrea種類，並非單系組群(Kindermann et al.，1998；Kullnig-Gradinger et al.，2002)。有性型表型類型的進化趨同現象十分明顯，因此，系統發育研究不支持Doi有關Hypocrea的屬下分類系統(Chaverri et al.，2000；Kullnig-Gradinger et al.，2002；Lieckfeldt et al.，1998a)。
大多數Hypocrea種類是在19世紀和20世紀早期描述的，當時所依據的標本大多來自旅行家、傳教士、病理學家或者其他野外工作者，標本一般送給相關專家進行鑑定描述，例如英國的M.J. Berkeley、德國的P. Hennings和美國的J.B. Ellis等專家。這種現象是由當時的時代特點所決定的，描述的新種一般發表於包含了大量不同真菌的大型著作中，而且這些描述都沒有匹配圖示，只有簡單的描述性文字以及有關基物的註解。比較規範的描述包括了子囊孢子的測量結果，但都沒有將無性型與標本相關聯的記載，或者對子座解剖學的詳細描述。Dingley首先在系統學研究中使用了有性型解剖學特點，Doi後來也採用了這些特徵，這比以前的簡單化描述前進了一大步。總而言之，有性型是子囊菌分類系統所依據的基礎，而且是全型（即有性型+無性型）中的名稱的載體部分（International Code of Botanical Nomenclature，條款59）。但是，隨著子囊菌中有性型與無性型關聯研究資料的豐富（包括肉座菌與木霉），以及肉座菌系統發育研究中分子技術的引入，越來越多的研究結果顯示，肉座菌的子座具有高度的保守結構，在種水平上的分類中用處不大，不能作為細緻的分類與鑑定依據。例如，Samuels et al. (1998)在其有關Hypocrea schweinitzii (Fr.)Sacc. 集合體的專論中，表明H. schweinitzii的廣義有性型之間幾乎無法區別。種類之間雖然差別明顯可見，但這些差別是在無性型、生長特性以及DNA序列方面，而不是在有性型的形態方面。在包括相近種類研究的例子中，不同種類之間的顯著區別在木霉無性型階段明顯可見，但在有性型形態和解剖學特徵方面就不那么明顯。
木霉屬
木霉屬