2000年，天文學家利用哈勃望遠鏡等觀測發現，木星上三個白色氣團合併為一個大體積的風暴系統，科學家將其命名為“卵斑BA”。2005年底，這一系統開始變成棕色，到了次年年初就顯現出紅色，因此就被稱為“小紅斑”。與“大紅斑”相比，“小紅斑”雖然要小一半，但規模也與地球差不多。
2006年10月，哈勃望遠鏡觀測到“小紅斑”正在不斷增強，顏色變得更紅，活動更為劇烈。科學家並不確定其顏色為何出現變化，但有猜測認為，這是由於風暴系統活動增強，“小紅斑”可能會將木星大氣系統低層的紅色物質向上“抬升”，使“小紅斑”持續呈現紅色。
2007年5月1日，美國宇航局發布了由“新視野”號探測器在飛往冥王星的途中掠過木星時拍攝的一批高質量木星圖像，其中就包括“小紅斑”。這是迄今人類探測器拍下的最近距離的“小紅斑”圖像。科學家們說，他們將藉助這些照片進一步分析木星風暴系統的形成及顏色變化等。
