根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發昌吉回族自治州人民政府機構改革方案的通知》（新黨廳字〔2011〕51號）和自治州黨委、自治州人民政府《關於自治州人民政府機構設定的通知》（昌州黨發〔2011〕47號），設立昌吉回族自治州交通運輸局（以下簡稱自治州交通運輸局），是自治州人民政府負責交通運輸工作的工作部門。
根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發昌吉回族自治州人民政府機構改革方案的通知》（新黨廳字〔2011〕51號）和自治州黨委、自治州人民政府《關於自治州人民政府機構設定的通知》（昌州黨發〔2011〕47號），設立昌吉回族自治州交通運輸局（以下簡稱自治州交通運輸局），是自治州人民政府負責交通運輸工作的工作部門。
一、職責調整
（一）劃入的職責
將原自治州交通局的職責、原自治州建設局承擔的城市公共客運行業管理職責整合劃入自治州交通運輸局。
（二）下放的職責
1、超限運輸車輛行駛公路、橋樑的審批；
2、公路兩側建築控制區內埋設管線、電纜的審批；
3、跨越、穿越公路架設、埋設管線、電纜等設施的許可。
二、主要職責
（一）貫徹執行國家和自治區有關公路交通運輸行業的方針、政策、法規，並組織實施和監督檢查；擬訂自治州公路交通運輸發展規劃、計畫，並監督實施；參與擬訂自治州運輸物流業發展戰略與規劃。
（二）組織領導自治州道路運輸管理工作，承擔轄區內運輸線路、營運車輛、樞紐、運輸站場等管理工作；負責城市公交、出租汽車管理工作；負責汽車維修市場、車輛技術檢測、汽車駕駛學校、駕駛員培訓工作的行業管理。指導自治州交通運輸行業體制改革；培育和管理交通運輸市場，維護交通運輸行業的平等競爭秩序。
（三）承擔公路建設市場監管責任。監督實施公路工程建設相關政策、制度和技術標準，組織協調自治州公路重點工程建設和工程質量、安全生產監督管理工作，維護交通基礎設施建設秩序。負責轄區內公路交通基礎設施的建設、管理和維護工作。指導重要專用公路的規劃、建設、管理工作。負責自治州農村公路的安全保護工作。指導自治州農村公路路政管理工作，依法保護農村公路路產路權。
（四）承擔自治州農村公路養護管理責任。審核並上報縣級人民政府交通運輸主管部門編制的農村公路養護建議計畫，管理農村公路養護資金，組織培訓養護管理人員，監督檢查養護計畫執行情況和養護質量，指導監督農村公路管理養護工作；依法制定地震、土石流、雨雪冰凍災害等損毀公路的突發事件應急預案，報本級人民政府批准後實施。
（五）負責並指導自治州交通行業財務、審計、統計工作；會同有關部門監督執行交通行業價格、稅收及有關方面的經濟政策。
（六）貫徹執行交通行業科技政策、技術標準和規範；指導自治州交通運輸行業職業教育、培訓、職工隊伍建設和精神文明建設工作；指導自治州交通運輸行業環境保護和節能減排工作。
（七）指導自治州交通運輸行業開展國際經濟技術合作與交流及利用外資工作。
（八）指導交通運輸行業的法制宣傳、行政複議、行政應訴、行政執法和監督工作。
（九）負責自治州交通戰備工作和出入境運輸管理工作。
（十）承辦自治州人民政府和上級交通運輸主管部門交辦的其他工作。
