《揚子鱷環境適應的MHC多樣性》是依託浙江大學，由朱英擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：揚子鱷環境適應的MHC多樣性
- 依託單位：浙江大學
- 項目負責人：朱英
- 項目類別：面上項目
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
揚子鱷全基因組層面上的外顯子雜合度和內含子雜合度尚處於相同水平，表明物種仍然未擺脫瓶頸效應的影響（Cell Research,2013，23:1091）。然長久以來，種群遺傳多樣性低和近親繁殖嚴重的瓶頸效應雖已導致尾部畸形問題，但迄今卻並未出現高疾病致死率的環境適應性衰退問題。有鑒於全基因組測序技術難以分離確認MHC位點而建立環境適應性探索的功能性分子標記系統，本項目擬在業已完成了揚子鱷基因組BAC文庫構建的基礎上，進一步通過構建MHC基因組物理圖譜及圖譜克隆測序、基因注釋，MHC基因組組裝、位點分離與確認等研究工作，解析MHC的基因組結構，並完整地建立揚子鱷I、II類MHC位點的分子標記系統。繼後，通過I、II類MHC分子標記的群體檢測分析，自環境適應性免疫功能基因家族的基因組結構和多態性變異等視角，探索揚子鱷適應環境的分子機制這一科學問題。
結題摘要
揚子鱷全基因組層面上的外顯子雜合度和內含子雜合度尚處於相同水平，表明物種仍然未擺脫“瓶頸效應”的影響。然長久以來，種群遺傳多樣性低和近親繁殖嚴重的“瓶頸效應”雖已導致尾部畸形問題，但迄今卻並未出現高疾病致死率的環境適應性衰退問題。有鑒於全基因組測序技術難以分離確認MHC 位點而建立環境適應性探索的功能性分子標記系統，本項目通過構建MHC 基因組物理圖譜及圖譜克隆測序、基因注釋，MHC 基因組組裝、位點分離與確認等研究工作，解析了MHC 的基因組結構，並完整地建立揚子鱷I、II 類MHC 位點的分子標記系統。通過I、II 類MHC 分子標記的群體檢測分析，獲得如下結果:（1）發現揚子鱷MHC的經典I類區與經典II類區是連在一起，形成2.6M的基因組區段，並從中注釋得到101個基因，包含16個I類基因（4個假基因）和17個II類基因（8個假基因），但最終獲得PCR產物特異穩定且分型圖譜清晰可辨的的3個MHC位點（I1327、I20及Beta1085）。後續的群體分子檢測結果表明I1327和I20位點均只有兩條等位基因，呈二態，而Beta1085位點有3條等位基因，呈三態。（2）利用研發好的MHC分型技術和本團隊已建立的微衛星分型技術對大群體進行分子多態性檢測，發現揚子鱷環境適應性的MHC維持機制是平衡選擇效應，而目前的樣本不足以分析揚子鱷基於MHC的配偶選擇機制。
