從頭預測(de novo prediction)是2018年公布的生物物理學名詞,出自《生物物理學名詞》第二版。
基本介紹
- 中文名:從頭預測
- 外文名:de novo prediction
- 所屬學科:生物物理學
- 公布時間:2018年

從頭預測(de novo prediction)是2018年公布的生物物理學名詞,出自《生物物理學名詞》第二版。
我們對幾個典型的RNA體系進行測試,發現全盲預測得到結果中,大部分結構和實驗結構的RMSD差異小於4埃。並且結果的準確度和基於同源建模的預測軟體持平,優於其它的從頭預測的方法。同時,我們還發展了計算RNA結構自由能的新的勢函式,考慮...
結果表明,我們預測的準確度和效率均明顯好於美國北卡大學發展的從頭預測軟體iFoldRNA。和同源建模預測軟體RLooM相比,對特定的9個RNA結構,我們的結果相對較差,這是因為這幾個結構在訓練資料庫里都有很好的同源信息。針對其它RNA結構進行...
11.3 蛋白質分子結構預測方法 11.3.1 同源建模 11.3.2 反相摺疊 11.3.3 從頭預測 參考文獻 第12章 蛋白質結構比對 12.1 蛋白質結構分類 12.1.1 按結構域分類 12.1.2 系統性分類 12.2 蛋白質結構比對工具 12.2...
從基因組序列預測新基因,現階段主要是3 種方法的結合: (1) 分析mRNA 和EST數據以直接得到結果; (2) 通過相似性比對從已知基因和蛋白質序列得到間接證據[1] ; (3) 基於各種統計模型和算法從頭預測。對預測出的基因進行高通量功能...
第9章 結構和功能預測 9.1 蛋白質結構預測 9.1.1 蛋白質結構的一般概念 9.1.2 從頭預測方法 9.1.3 基於知識的蛋白質結構預測 9.1.4 正誤構象的判斷 9.2 RNA的二級結構預測 9.2.1 獨立鹼基對 9.2.2 有環...
第7部分 結構預測 第24章 CASP和CAFASP實驗及其發現 第25章 同源建模 第26章 摺疊類型識別方法 第27章 從頭預測方法 第8部分 未來 第28章 一維預測:二級結構、跨膜螺旋以及溶劑可及性 第29章 結構基因組 ...
M吉林大學李全博士和導師馬琰銘教授通過從頭算演化理論的結構預測方法,提出了一個新奇的單斜超硬碳,並命名為M碳(M-carbon)。碳可以沿金剛石的(111)表面的重構獲得,還可以被看做是由石墨層滑移和皺摺而成。在13.4GPa以上的壓強...
有返回隨機遊動”和“整體拓撲相似性”的致病相關基因預測方法。該方法在交叉驗證和從頭預測方法均取得了較好的效果。該論文已經發表在計算生物學重要期刊《BMC Bioinformatics》上。 4)蛋白質結構分類、亞細胞定位、功能等方面的研究。
三、從頭預測 132 四、基於轉錄組數據的基因預測 134 第四節 基因功能注釋 135 一、主流資料庫 135 二、比對軟體 139 第五節 基因家族聚類分析 141 一、基因家族的概念 141 二、基因家族聚類分析前數據處理和準備 141 三、基因家族...
7.1.3PHD預測方法 7.1.4NNSSP預測方法 7.1.5多元預測方法 7.2蛋白質空間結構預測 7.2.1同源建模方法(homology modeling)7.2.2串線法(threading)7.2.3從頭預測(ab initio)方法 第8章生物信息學與人類複雜疾病 8....
4 2蛋白質二級結構預測47 4 2 1Chou?Fasman方法47 4 2 2GOR方法47 4 2 3機器學習48 4 3蛋白質三級結構預測49 4 3 1蛋白質結構的從頭預測50 4 3 2蛋白質結構的同源建模50 4 3 3同源建模實例53 4 4蛋白質四級結構預測56...
6.1.3基於胺基酸疏水性的預測方法 149 6.1.4最鄰近方法 151 6.1.5綜合法 152 6.2蛋白質空間結構預測 153 6.2.1同源模型化方法 153 6.2.2線索化方法 156 6.2.3從頭預測方法 159 6.2.4預測方法評價 166 第7章蛋白質...
7.3 RNA二級結構的預測………262 7.4蛋白質空間結構預測………263 7.4.1同源模型化方法………264 7.4.2線索化方法(摺疊識別方法)………266 7.4.3從頭預測方法………267 7.4.4預測方法評價………272 7.5蛋白質...
