根據自治區編委《關於進一步加強自治區煤炭行業管理等有關問題的通知》（新機編字〔2005〕72號），設定自治州煤炭工業管理局。自治州煤炭工業管理局是自治州人民政府主管煤炭行業管理和煤礦安全生產監管的直屬機構。
主要職責,內設機構,人員編制,
主要職責
（一）貫徹執行國家和自治區有關煤炭工業發展和煤礦安全生產的方針政策、法律、法規、規章、規程，結合自治州的實際,提出巴州發展煤炭工業的地方性規章和措施，並監督實施。
（二）負責煤炭生產許可證、煤炭經營資格的初審、年檢和管理，維護公平競爭秩序；協調煤炭產、運、需關係，實現產需基本平衡。
（三）組織制定自治州煤炭工業總體發展戰略和中長期規劃以及年度計畫；提出合理開發利用巴州煤炭資源的建議，促進行業結構調整，統籌規劃全州煤炭工業布局，對全州的煤炭工業實行行業和安全管理。
（四）按照自治區提出和編制的巴州煤田地質勘探規劃、煤田滅火規劃，協助自治區監督煤田地質勘探和煤田滅火計畫的實施。
（五）依法整頓煤炭生產和經營秩序；關停違法開辦和經營以及布局不合理的各類煤礦。
（六）實施科教興煤戰略，組織搞好煤炭科研攻關和科技成果的推廣套用，指導推動煤礦技術改造，提高行業整體素質,改革煤炭工業技術面貌，推動高產高效礦井和質量標準化礦井建設。
（七）負責全州煤炭工業經濟運行動態和煤礦安全事故的統計、分析和上報；收集發布州內外煤炭經濟技術、市場信息,提供信息、技術、管理、諮詢服務；負責組織煤炭行業經濟技術合作和交流。
（八）按照分級管理的原則和上級授權，組織協助查處煤礦傷亡事故。
（九）組織、指導煤礦安全生產技術培訓、職業危害防治、煤礦救護隊及其應急救援工作。
（十）負責煤礦使用的設備、材料、儀器儀表的安全監督管理工作。
（十一）查處不符合安全生產標準的煤炭企業。
（十二）承辦新疆煤礦安全監察部門和州人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述主要職責，自治州煤炭工業管理局內設3個職能科室：
（一）辦公室：負責局機關的黨務工作,負責機關文秘、檔案、信息、保密、財務、人事、精神文明等行政事務，負責局機關經費和國有資產管理工作。
（二）煤炭工業管理科：根據國家發展煤炭工業的方針政策,研究提出發展巴州煤炭工業的方針政策和地方性法規、規範和技術標準，依法整頓煤炭生產秩序，負責關閉非法和布局不合理的煤礦；負責煤礦生產許可證、煤炭經營許可證的審查和上報自治區審批、頒發與管理，維護市場公理競爭秩序；組織制定自治州煤炭工作總體發展戰略和中長期規劃、年度計畫。負責實施科技興煤戰略，指導煤礦技術改造，推動高產高效礦井和質量標準化建設；組織煤炭工業經濟技術合作與交流，掌握分析全州煤炭工業經濟運行動態，收集、統計、發布煤炭經濟技術、市場信息並提供信息、技術、諮詢服務。
（三）煤礦安全監督管理科:負責對全州煤礦安全進行日常性的監督檢查，組織調查和處理煤礦違法違規等行為。參與煤礦事故的調查處理，指導和協調企業事故應急救援工作。負責全州煤炭企業管理者安全資格培訓和煤礦特種作業人員的培訓，負責煤礦安全事故信息報送。
人員編制
自治州煤炭工業管理局，為全額預算管理事業單位,正縣級建制，核定事業編制12名（其中：自治區編委分配下達6名,從自治州煤炭工業管理辦公室連人帶編劃入6名）。縣級領導職數3名，科級領導職數3名，科級非領導職數1名（副主任科員）。
