天然寶石在此特指自然界產出的礦物單晶，這些產出稀少、晶瑩美麗的晶體，經人工琢磨後即構成了天然珠、寶玉石的主體。
天然寶石的品種很多。為了對眾多的品種進行深入研究，寶石科研鑑定工作者往往用礦物學的分類方法對寶石進行族、種、亞種的細分，而寶石貿易界往往又習慣按照價值規律對寶石進行高檔、中低檔的劃分，還有的根據寶石的稀缺程度將其分為常見和稀少兩類。
天然寶石的族、種、亞種的劃分
(1)族
指化學組成類似、晶體結構相同的一組類質同象系列寶石。如石榴子石族、電氣石族、長石族、輝石族。同一族寶石由若干個寶石品種組成。
(2)種
指化學組成和晶體結構都相同的寶石。寶石種是分類的基本單位，每一個寶石種都有相對固定的化學組成和確定的晶體結構，例如石榴子石族礦物中包括了鐵鋁榴石和鎂鋁榴石等種。
(3)亞種
是種的進一步細分。指同一個種的寶石，因化學組成中的微量組分不同，從而在晶形、物理性質(如顏色、透明度)等外部特徵上有較明顯的變化者。如藍寶石中的黃色藍寶石、綠色藍寶石、黑色藍寶石；綠柱石寶石中的黃色綠柱石、紅色綠柱石、紫色綠柱石、無色綠柱石；水晶中的紫晶、黃晶、煙晶等。
寶石的種和亞種劃分有其特殊性，即其種和亞種的劃分尚涉及其社會屬性或價值規律。如剛玉寶石中的紅寶石、藍寶石，綠柱石寶石中的祖母綠、海藍寶石，都被作為重要的單一寶石種。
