基因表達聚類(clustering of gene expression)是2018年公布的計算機科學技術名詞,出自《計算機科學技術名詞 》第三版。
基本介紹
- 中文名:基因表達聚類
- 外文名:clustering of gene expression
- 所屬學科:計算機科學技術
- 公布時間:2018年
基因表達聚類(clustering of gene expression)是2018年公布的計算機科學技術名詞,出自《計算機科學技術名詞 》第三版。
《基因表達數據局部聚類技術研究》是2015年12月1日東北大學出版社出版的圖書,作者是印瑩、趙宇海。內容簡介 《基因表達數據局部聚類技術研究》針對現有聚類算法解決相關問題時存在的不足,對局部聚類技術進行了深入的研究,包括同時在屬性維和...
聚類分析被用來動植物分類和對基因進行分類,獲取對種群固有結構的認識 地理 聚類能夠幫助在地球中被觀察的資料庫商趨於的相似性 保險行業 聚類分析通過一個高的平均消費來鑑定汽車保險單持有者的分組,同時根據住宅類型,價值,地理位置來...
本項目提出融合基因組研究獲得的眾多基因功能相關信息對大規模基因表達數據進行綜合分析與知識發現,提煉可有效用於基因表達分析研究的數據集,研究更有效且具有生物學意義的基因表達數據聚類、分類、以及用於類預測與類發現的特徵基因子集提取的...
(3)對基因表達數據聚類分析設計一個通用的聚類方法,考慮基因表達水平的機率分布,能夠對具有重複實驗的基因數據進行聚類,並且能夠在參數學習中自動確定聚類的最優類別數;(4)通過GeneChips晶片數據對該聚類方法進行性能論證。
《面向基因組分析的數據挖掘算法研究》是2017年8月同濟大學出版社出版的圖書,作者是甘楊蘭、關佶紅。內容簡介 《面向基因組分析的數據挖掘算法研究/同濟博士論叢》重點圍繞基因表達聚類分析、啟動子預測、核小體定位等問題,提出了基於模式...
研究全麻藥作用時大鼠腦及神經元基因表達譜的動態變化,通過對獲得的基因表達譜進行聚類分析,找出表達行為相似的基因群組,闡明G蛋白相關受體通道和信號轉導分子在基因水平的網路調控,明確全麻作用的靶位及其信號轉導途徑,為從基因組水平...
①針對差異表達基因識別研究:設計實現TM算法,提出新模型GRP,設計了FM算法,提出RSDM算法,實驗證明這些算法簡單有效。②針對基因表達數據聚類分析:提出聚類算法GKM;創新提出最佳化算法GFA;提出IGFA算法。提出新的PSOP-AP 聚類算法;提出AP...
採用諸如因子分析與流形學習的特徵抽取方法來實現基因表達譜的降維能夠實現樣本的可視化表示。通過對腫瘤基因表達譜結構特點的探索,能夠發現腫瘤相關基因之間的調控關係與功能模組,為腫瘤分類模型構建、樣本聚類分析與調控通路分析奠定基礎,為...
使用群智慧型和統計學習等多種方法構建農藝性狀及相關基因的多維度多層次複雜關係網路,並借鑑社會網路挖掘的思想和方法,結合基因表達數據聚類及雙聚類方法挖掘此複雜關係網路中具有生物學意義的子網路。本項目著力於研究一套系統生物學範疇的...
研究建立基因調控網路巨觀和微觀的聯繫,對基因調控網路進行模擬和預測的研究。研究從基因表達數據的動態模糊聚類出發,給出基因調控系統穩態的概念,利用模糊進化神經網路進行動態基因調控網路模型的構建和系統狀態指標的量化的新方法。研發基因...
高維數據聚類已成為數據挖掘中的一個重要研究方向。因為隨著技術的進步使得數據收集變得越來越容易,導致資料庫規模越來越大、複雜性越來越高,如各種類型的貿易交易數據、Web 文檔、基因表達數據等,它們的維度(屬性)通常可以達到成百上千...
7.4 基因表達譜聚類分析 123 7.4.1 相似性度量函式 124 7.4.2 聚類方法 125 7.4.3 基於模型的聚類方法 131 7.4.4 支持向量機 131 7.4.5 聚類結果的可視化 133 7.4.6 聚類結果的定量評價 135 7.5 基因表達數據的...
3)生物信息學方面. Santana等套用EDA解決了蛋白質側鏈定位的問題和簡化模型中的蛋白質摺疊問題; Cano等結合EDA和主成分分析方法對基因表達的信息進行聚類分析; Armananzas等對 EDA 在生物信息學方面的套用給予了簡要綜述.4) 其他工程套用...
該蛋白含有WAP-型四硫核心(WFDC)結構域,因此是WFDC結構域家族的成員.大多數WFDC基因成員定位於染色體20q12-Q13,聚類為著絲粒和端粒。該基因屬於著絲粒簇。細菌脂多糖和細胞因子促進了該基因的表達。[由RefSeq提供,2014年10月]
miRNA前體在基因組上的定位和聚類是通過向基因組資料庫查詢進行。這個方法有助於判斷miRNAs是否是mRNAs、tRNAs、rRNAs等分子的降解產物。有的實驗室通過一種RNA folding program ’mfold’ 來判斷C. elegans 和C. briggsae 之間的高度...
調控網路是生命體中的最重要的關係網路,基於轉錄調控關係的調控網路構建一直是一個難題,我們基於前期模體預測和分析比對的基礎,重點解決共調控關係構建過程中模體剖面精度問題、模體比對問題以及預測結果過大帶來的基因聚類難題。構造了一個...
在序列方面,我們建立了基於條件隨機場模型的基因表達時序數據分析方法,能夠對基因表達時序數據進行二維聚類。我們還建立了基於條件隨機場模型的SNP數據分析工具,能夠整合多層次信息同時進行基因型、雜合性缺失(LOH)和拷貝數變異(CNV)的...
這裡存在一些原因解釋為什麼同屬於某一基因的序列不用來產生一個單一的Contig. 所有屬於同一基因的剪下變異被放在同一聚類中。 來從同一cDNA克隆的EST序列,通常都有5’和3’端的序列,但這些序列並不都具有重疊部分。當前,Unigene已收錄...
8.4基因表達譜聚類分析………292 8.4.1相似性度量函式………292 8.4.2聚類方法………294 8.4.3基於模型的聚類方法………298 8.4.4支持向量機………299 8.4.5聚類結果的可視化………301 8.4.6聚類結果的定量...
我們的研究還發現,該候選基因的時空表達與果實開裂區的發育密切相關。2,利用上述基因表達數據,篩選野生型不同發育時期的差異表達基因,並對差異表達基因進行聚類分析,分別得到9個表達模式不同的基因集合,並分別進行功能富集分析,此外,...
並利用包含23,000多個牛轉錄本的Affymetrix晶片對單胚胎的基因表達譜進行分析,通過生物信息學分析得到了基因表達譜聚類結果,初步篩選出4個差異表達基因,並利用設計其RNAi序列,利用小鼠胚胎進行干擾實驗,初步驗證候選基因的功能,系統地...
14.2.3 生物學中的基因表達數據 289 14.2.4 生物學中的表觀遺傳學數據 290 14.2.5 生物學中的系統生物學數據 290 14.3 關鍵生物信息學算法概述 291 14.3.1 生物序列比對分析 291 14.3.2 基因表達數據的聚類 295 14.3....
本書是對生物晶片(微陣列)技術進行全面論述的專業著作,對概念及理論基礎進行了較為透徹的闡釋,涵蓋範圍從生物化學原理一直到方法學的討論以及研究中所用的基因數據的分析,內容包括生物晶片技術相關信息、基因表達、遺傳聚類以及新創建的...
5.1 聚類結果可視化 5.1.1 數據導入 5.1.2 聚類 5.1.3 查看和更改聚類選項 5.1.4 數據集的行列聚類 5.1.5 對熱圖的操作 5.1.6 作業系統樹 5.1.7 改變配色方案和顯示範圍 5.1.8 5000個顯著基因的聚類 5.2 分子...