《國家科學技術秘密持有單位管理辦法》由科技部和國家保密局負責解釋。自公布之日起施行。
第一條 為了加強國家科學技術秘密持有單位保密管理，根據《中華人民共和國保守國家秘密法》《中華人民共和國科學技術進步法》《中華人民共和國保守國家秘密法實施條例》和《科學技術保密規定》，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱國家科學技術秘密，是指科學技術規劃、計畫、項目及成果中，關係國家安全和利益，依照法定程式確定，在一定時間內只限一定範圍的人員知悉的事項。
本辦法所稱國家科學技術秘密持有單位（以下簡稱持密單位）是指產生、使用或者其他知悉國家科學技術秘密的單位。
第三條 持密單位開展保守國家科學技術秘密的工作（以下簡稱科學技術保密工作），適用本辦法。
第四條 持密單位應當實行科學技術保密工作責任制，單位主要負責人對本單位的科學技術保密工作負總責，設立或者指定專門機構開展科學技術保密工作，制定本單位科學技術保密管理制度，負責本單位科學技術保密日常工作。
第五條 持密單位應當為本單位的科學技術保密工作提供經費、人員、場所和其他必要的保障條件。
第六條 持密單位應當記錄本單位持有的國家科學技術秘密名稱、密級、保密期限、保密要點和知悉範圍，及其變更和解除情況，並做好國家科學技術秘密檔案歸檔工作。
持密單位應當按照國家有關保密規定，管理涉及國家科學技術秘密的檔案、資料、檔案、計算機、網路、信息系統和移動存儲介質、通信和辦公自動化設備、工作場所、保密要害部門和部位、會議和活動等，建立管理台賬。
承擔涉密科學技術項目的持密單位應當在項目申報、專家評審、立項批覆、項目實施、結題驗收、涉密成果轉化及獎勵申報等各環節嚴格執行科學技術保密制度，加強涉密科學技術項目保密管理。
第七條 持密單位應當按照國家有關規定，確定涉密崗位及其類別，將在涉密崗位工作的人員確定為核心涉密人員、重要涉密人員和一般涉密人員，實行分類管理。
持密單位應當對涉密人員進行保密審查，與涉密人員簽訂保密承諾書，加強對涉密人員的保密宣傳、教育培訓和監督管理，對涉密人員發表論文、申請專利、新聞出版、參加學術交流等公開行為及出國（境）活動進行審查和保密提醒。
持密單位應當保障涉密人員正當合法權益，不得因其成果不宜公開發表、交流、推廣而影響其評獎、表彰和職稱評定。對確因保密原因不能在公開刊物上發表的論文，應當對論文的實際水平給予客觀、公正評價。
持密單位應當對涉密人員離崗離職實行脫密期管理，與涉密人員簽訂脫密期保密承諾書，明確未經本單位批准，涉密人員離崗離職後不得從事任何與其知悉的國家科學技術秘密相關的工作，直至解密為止。
第八條 持密單位進行宣傳報導、展覽展示等活動，由單位負責人或者其指定的保密工作機構對活動內容進行科學技術保密審查，任何形式的公開活動均不得涉及國家科學技術秘密。
第九條 持密單位在境內與非涉外機構、人員開展科學技術交流、合作、轉移轉化等活動，如果涉及保密要點，應當由持密單位報請原定密機關、單位批准。
持密單位應當提交的材料包括：活動內容及必要性說明，活動涉及國家科學技術秘密保密要點的說明，擬知悉國家科學技術秘密的機構、人員情況說明，其他需要提供的材料。
第十條 持密單位與涉外機構、人員（包括境外組織、機構、人員，境外駐華組織、機構或者外資企業等）開展科學技術交流、合作、轉移轉化等活動，如果涉及保密要點，應當由持密單位報請國務院有關主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府有關主管部門審查。持密單位收到審查批准的書面決定後，應當嚴格按照保密規定開展後續工作，並與涉外機構、人員簽訂保密承諾書。
絕密級國家科學技術秘密原則上不得對外提供，確需提供的，應當經中央國家機關有關主管部門同意後，報國家科學技術行政管理部門批准；機密級國家科學技術秘密對外提供應當報中央國家機關有關主管部門批准；秘密級國家科學技術秘密對外提供應當報中央國家機關有關主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府有關主管部門批准。
持密單位應當提交的申報材料包括：申請審查的公文（含涉外活動內容及必要性說明），涉外活動涉及國家科學技術秘密保密要點的說明，擬知悉國家科學技術秘密的涉外機構、人員情況說明，涉外活動的風險評估、保密措施及泄密應急管理措施等情況說明，擬與涉外機構、人員簽訂的保密承諾書文本，原定密機關、單位審查意見，其他需要提供的材料。
第十一條 持密單位發生名稱、註冊地址、法定代表人、組織形式、股權等變更，資產重組、併購、發行上市，以及核心涉密人員變動等影響國家科學技術秘密管理的事項時，應當在繼續做好保密工作的同時，及時向上級機關或者業務主管部門報告。
第十二條 持密單位應當每年至少開展一次保密自查，發現問題及時糾正；應當依法接受和配合科學技術行政管理部門和保密行政管理部門組織開展的保密檢查，如實反映情況，提供必要資料，並依照整改要求，制定整改措施，按期整改落實。
第十三條 持密單位應當制定泄密應急預案，一旦發現本單位持有的國家科學技術秘密可能泄露或者已經泄露，應當在24小時內向業務主管部門、科學技術行政管理部門和保密行政管理部門報告，同時啟動應急預案，並協助有關部門查處泄密事件。
第十四條 對於違反科學技術保密管理相關規定，給國家安全和利益造成損害的，應當依法追究相關機關、單位和人員的法律責任。
第十五條 涉及國防科學技術的保密管理，按有關部門規定執行。
第十六條 本辦法由科技部和國家保密局負責解釋。
第十七條 本辦法自公布之日起施行。1998年1月4日由原國家科委和國家保密局發布的《國家秘密技術項目持有單位管理暫行辦法》（國科發成字〔1998〕003號）同時廢止。
