室町幕府的最高首領和鎌倉幕府一樣，也稱為征夷大將軍。將軍以下，設有相當於鎌倉幕府執權的管領。這個職務是由斯波、細川、畠山三家輪流擔任。
管領以下，設有政所、問注所、侍所三個機構。政所在鎌倉幕府時代是掌管行政的重要機關，在室町幕府時代，它的職權大大縮小，僅限於管理幕府的財政稅收及訴訟等事務。
問注所本來是幕府的司法機關，因訴訟裁判權移歸政所，它就形同虛設了。侍所是幕府的軍事機關，它的首長稱為所司，由赤松、山名、一色、京極四家組任，合稱“四職家”。它和“三管領”合在一起，就構成了室町幕府的領導核心。“三管領”和“四職家”，都是最有勢力的守護大名。
