單鏈構象多態性，在一定條件下， 單鏈DNA可形成特有的二級結構。不同 DNA鏈上單個鹼基的改變可引起其二級結 構的改變，從而改變DNA鏈在非變性膠中 的電泳遷移率形成的多態性稱作單鏈構象多 態性。單鏈DNA片段呈複雜的空間摺疊構 象。這種立體結構主要是由其內部鹼基配對 等分子內相互作用力來維持的，當有一個鹼 基發生改變時，會或多或少地影響其空間構 象，使構象發生改變，空間構象有差異的單 鏈DNA分子在聚丙烯醯胺凝膠中受排阻大 小不同。
單鏈構象多態性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)是一種分離核酸的技術，可以分離相同長度但序列不同的核酸（性質類似於DGGE和TGGE，但方法不同）。
原理
單鏈構象多態性（Single-strand conformation polymorphism，SSCP)分析可以檢測DNA序列之間的不同。SSCP首先由Lee 等[9]用於研究自然微生物群體的多樣性。在低溫條件下，單鏈DNA呈現一種由內部分子相互作用形成的三維構象，它影響了DNA在非變性凝膠中的遷移率。相同長度但不同核苷酸序列的DNA由於在凝膠中的不同遷移率而被分離。遷移率不同的條帶可被銀染或者螢光標記引物檢測，然後用DNA自動測序進行分析。用PCR-SSCP 技術可以進行序列差異的測定，而敏感度會隨著片段長度的增加而降低。但是只要條帶被凝膠電泳分離開就可以進行系統發育的研究。在Schmalenberger 和Tebbe[10]的研究中，測序技術表明一個單鏈也許包括多種序列，電泳條件也會因此影響基因結構的確定進而影響生物多樣性的研究。
實驗步驟
利用PCR從提取出的DNA中擴增16S rRNA基因。
利用λ-外切核酸酶消化掉一條鏈（其中一個PCR引物被磷酸化，這條鏈將被去除）。
非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳(PAGE)。
套用
單鏈構象多態性可用於預篩選克隆文庫。
可對其中的某一個條帶進行測序，並與資料庫中已知序列比對。
