呼和浩特市人民政府口岸辦公室是呼和浩特市水務局下屬機構，貫徹執行黨和國家口岸工作的方針政策和法律法規，研究擬定口岸管理有關規定並組織實施；擬定口岸發展規劃和年度計畫並組織實施；監督口岸建設與改擴建項目資金的使用情況；負責開闢國際新航線的審核、上報、驗收；監督口岸查驗單位依法履行職責情況，負責口岸的綜合協調和業務指導；推動“大通關”建設；協調處理口岸工作中的重大問題。
