分支生物地理學（cladistic biogeography）是在泛生物地理學理論（從中發展了隔離的思想）和Hennig的分支系統學說（從中汲取了部分分析方法）基礎上發展形成起來的，分支生物地理學基於單系類群的系統發育關係和特有分布區，著重探尋不同類群的一致性地區間關係，並倡導利用一致性地區格局揭示可能的地質事件。分支生物地理學認為隔離對生物地理格局的形成起主要作用，而不看重擴散的作用。分支生物地理學一開始被稱為隔離分化生物地理學（vicariance biogeography）。
伴隨著板塊構造學說和分支系統學的發展而興起的分支生物地理學（以及隔離思想），是對達爾文時代擴散生物地理學的重要拓展，使得生物學家認識到地球和生物是一起演化的，生物的分布很大程度可能是由地理或地質變化造成的。
主要的分支生物地理學方法有：簡化地區分支圖（Reduced area cladograms）；成分分析（Component analysis）；BPA分析（Brooks parsimony analysis）；Three-area statement；WISARD；隔離事件分析（Vicariance events）等。
