假菌根的組成器官分為子實體和菌絲體兩部分。菌絲體是有許多分枝狀的菌絲互相交織形成的密集的群體，呈蛛網狀。
成熟的雙孢蘑菇個體像一把撐開的小傘，它的組成器官分為子實體和菌絲體兩部分。菌絲體是有許多分枝狀的菌絲互相交織形成的密集的群體，呈蛛網狀。菌絲又可分為絨毛菌絲、線狀菌絲和索狀菌絲。在制種和培養料發菌過程中希望其絨毛狀菌絲生長旺盛，積累更多養分；出菇階段則要求形成線狀菌絲，才能結成子實體。越冬後，大部分絨毛狀菌絲、線狀菌絲已萎縮，而保留在土層中的索狀菌絲多，通過春菇調水後，能萌發成絨毛菌絲再發育成線狀菌絲，利於長菇，故要保護好，防止幹掉或受凍。
子實體由菌絲進一步分化發育而成，分菌蓋、菌褶、菌柄、菌膜、菌環、假菌根等部分。假菌根是著生於菌柄基部和覆土及培養料相接部位的根狀菌絲索。
