伊萊·曼寧出生在一個與橄欖球有著不解之緣的家庭，他的父親Archie Manning曾是密西西比大學校史的傳奇四分衛，並在NFL打拚了十餘年，但伊萊的成長更多地受到母親Olivia的影響，性格內向的他並沒有像兩位哥哥一樣早早表現出對橄欖球的極大興趣。不過，當伊萊跟隨哥哥們的腳步就讀於Isidore Newman高中，並接過家傳的18號球衣（父親Archie的大學號碼和二哥佩頓生涯使用過的唯一號碼）後，伊萊也展現出了在四分衛位置的優秀天賦，擔任校隊首發四分衛的三年間，他投出了7389碼和89次達陣，基本與佩頓的高中表現相當，這讓他收到了眾多名校的橄欖球獎學金邀請。最終來自時任密西西比大學主教練David Cutcliffe的電話說服了伊萊——Cutcliffe曾是佩頓在田納西大學效力期間的進攻協調員兼四分衛教練，對佩頓的培養功不可沒，這讓伊萊決定加入父親曾效力的反叛者隊（Ole Miss Rebels），傳承了家族和密西西比大學的橄欖球緣分（伊萊的大哥Cooper Manning在高中畢業後同樣選擇了密西西比大學，但卻在大一夏訓營開始前被查出患有先天性椎管狹窄症，橄欖球生涯早早終止，而作為全美頭號高中四分衛的佩頓則選擇了田納西大學，這曾一度讓曼寧家族備受來自密西西比州的指責）。高中時的伊萊
大學時期
在反叛者隊的前兩年，伊萊都被作為紅衫球員（Redshirt Player），幾乎未在常規賽得到出場機會，直到大一球季（即實際上的大二學年），伊萊的才華才在賽季最後一戰中展現——在音樂城碗賽（Music City Bowl）對陣西維吉尼亞大學的第四節，伊萊在球隊已經16-49大比分落後的情況下替補出場，投出三次達陣帶隊連追22分，幾乎實現翻盤，這讓他最終贏得了先發四分衛位置。伊萊碗賽替補登場（2000音樂城碗）
高中時的伊萊
伊萊碗賽替補登場（2000音樂城碗）
伊萊被閃電隊選中（2004）