中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心是在計算所高性能計算機研究中心套用研究團隊和原集成套用中心的基礎上，於2011年底組建的研究實體，是計算所面向行業信息化建設開展技術研發、工程實施、項目諮詢等的重要科研布局，是計算所戰略規劃的重點培育方向之一。
中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心始終以服務於關乎國計民生的重點行業信息化建設為己任，以社會性需求工程、系統集成方法、信息系統性能評價方法與模型、雲計算、數據管理方向等為切入點開展信息系統工程學科建設工作。
中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心自成立以來，承擔了多項信息化頂層設計與諮詢規劃工作，包括智慧城市、線上教育、智慧型交通、智慧物流、區域醫療、食品安全、能源等重點行業，為行業用戶提供了切實可行的建設方案，得到用戶的一致好評。
中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心依託於在計算機系統研究領域的科研積累與技術優勢，自主研發了包括並行資料庫、數據倉庫、分散式檔案系統、雲管理平台、集群管理與作業調度系統等一系列的系統平台層軟體，並在此基礎上研發了雲教育平台、行業輿情系統、安全辦公雲等行業套用級軟體。目前已經在一些行業信息化建設項目中得到推廣套用。
中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心心秉持開放、合作、共贏的理念，積極與國內大型信息系統集成商開展合作，為合作夥伴提供自主、可控的信息化軟體產品與技術服務。
中國科學院計算技術研究所計算機套用研究中心還承擔了包括科技支撐計畫、國家自然科學基金、國家信息安全242項目等多項縱向課題。
