科研方面，主要從事微藻生物技術和非水酶學的研究工作，與丹麥奧胡斯大學 (University of Aarhus) Xuebing Xu教授研究小組建立良好的合作關係。先後主持教育部留學回國人員科研啟動基金1項、福建省科技廳重點項目1項、福建省發展和改革委員會課題1項、福建省自然科學基金重點課題1項、省自然科學基金課題1項、省社會科學規劃基金項目1項、省科技廳課題和省教育廳科技課題多項。在《Organic & Biomolecular Chemistry》、《Colloids & Surfaces B: Biointerfaces》、《Journal of Applied Phycology》、《World Journal of Microbiology & Biotechnology》、《光子學報》、《套用與環境生物學報》等刊物發表論文第一署名或通訊作者論文40多篇，其中SCI收錄7篇、EI收錄8篇、ISTP收錄1篇。擔任國際刊物《Journal of Biophysical Chemistry 》編委，多份國際刊物審稿人。先後榮獲福建省自然科學優秀學術論文二等獎、三等獎以及校科研先進個人。授權第一完成人發明專利2項和實用新型專利1項，申請發明專利2項。4項科研成果通過鑑定或驗收。國際刊物《Journal of Chemical Technology and Biotechnology》、《Engineering in Life Sciences》、《Applied Acoustics》、《World Journal of Microbiology and Biotechnology》審稿人。教學方面，主要從事生物工程的教學，承擔本科生《生物工程設備》、《生物工藝學》和碩士生《生物催化工程》、《發酵技術》和《微藻生物技術進展專題》教學任務。 《生物工程設備》福建師大精品課程負責人，主持校教學改革與創新基金項目1項，在核心刊物發表第一署名教改論文2篇。主編《微生物工程》教材(科學出版社)，參編教材2本。
近期論文發表
1. Bilian Chen*, Wenlang You, Jian Huang et al.Isolation and antioxidant property of the extracellular polysaccharide from Rhodella reticulate. World Journal of Microbiology & Biotechnology. 2010,26:833-840
2. Bilian Chen*,Ying Yu,Jian Huang. Effect of microwave radiation on the antioxidant responses of Nannochloropsis oculata. The 4th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering,2010
3. Bilian Chen, Zheng Guo, Mette Bruni Let, et al. Preparation of CLA ascorbyl ester with improved volumetric productivity by an ionic liquid-based reaction system.Organic & Biomolecular Chemistry, 2008, 6:3196-3201
4. Bilian Chen*, Jian Huang, Juan Wang et al.Ultrasound effects on the antioxidative defense systems of Porphyridium cruentum.Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2008, 61(1):88-92
5. Juan Wang, Bilian Chen*, Rao Xiaozheng et al. Optimization of culturing conditions of Porphyridium cruentum using uniform design. World Journal of Microbiology & Biotechnology, 2007,23:1345-1350
6. Ying Yu, Bilian Chen*, Wenlang You. Identification of the alga known as Nannochloropsis Z-1 isolated from a prawn farm in Hainan, China as Chlorella. World Journal of Microbiology & Biotechnology，2007, 23:207-210
