歷任首長,主任委員,副主任委員,組織體系,行政部門,所屬機關,管理機關,科技部組織規劃,
歷任首長
主任委員
吳大猷（1967年8月 - 1973年6月）
徐賢修（1973年6月 - 1981年3月）
張明哲（1981年3月 - 1984年6月1日）
陳履安（1984年6月1日 - 1988年7月22日）
夏漢民（1988年7月22日 - 1993年2月27日）
郭南宏（1993年2月27日 - 1996年6月10日）
劉兆玄（1996年6月10日 - 1998年2月5日）
黃鎮台（1998年2月5日 - 2000年5月20日）
翁政義（2000年5月20日 - 2001年3月7日）
魏哲和（2001年3月7日 - 2004年5月20日）
吳茂昆（2004年5月20日 - 2006年1月25日）
陳建仁（2006年1月25日 - 2008年5月19日）
李羅權（2008年5月20日 - 2012年1月31日）
朱敬一（2012年1月31日起-）
副主任委員
閻振興（1967年8月 - 1970年8月）
蔣彥士（1967年8月 - 1970年8月）
鐘皎光（1969年7月 - 1971年4月）
張明哲（1970年8月 - 1975年9月）
張去疑（1975年9月 - 1983年5月）
何宜慈（1979年5月 - 1987年5月）
王紀五（1982年7月 - 1987年5月）
王松茂（1983年5月 - 1984年8月）
劉兆玄（1984年9月 - 1987年8月）
王松茂（1987年6月4日 - 1993年3月）
鄧啟福（1987年6月4日 - 1990年9月1日）
朱炎（1992年7月1日 - 1993年3月6日）
胡錦標（1990年9月6日 - 1996年6月10日）
謝克昌（1993年4月13日 - 1996年6月28日）
謝長宏（1993年3月6日 - 1996年6月28日）
蔡清彥（1996年6月17日 - 2000年5月20日）
薛香川（1996年7月23日 - 2001年5月19日）
張進福（1996年6月28日 - 2000年5月20日）
謝清志（2000年5月20日 - 2006年5月24日）
吳茂昆（2000年6月7日 - 2002年3月1日）
黃文雄（2001年6月14日 - 2004年5月19日）
陳建仁（2002年4月1日 - 2003年5月17日）
廖俊臣（2003年7月1日 - 2006年1月25日）
紀國鐘（2004年5月20日 - 2006年9月12日）
戴謙（2006年7月12日 - 2007年7月31日）
楊弘敦（2006年3月24日 - 2008年5月19日）
吳政忠（2006年11月10日 - 2008年5月19日）
黃文雄（2007年8月1日 - 2008年5月19日）
張文昌（2008年5月20日 - 2011年4月30日）
陳力俊（2008年5月20日 - 2010年1月31日）
陳正宏（2008年5月20日 - 現任）
周景揚（2010年1月31日 - 現任）
張清風（2010年1月31日 - 現任）
組織體系
行政院國家科學委員會設有主任委員1人，副主任委員3人，12個處、室等內部單位，以及3個附屬機構。
行政部門
自然科學發展處
工程技術發展處
生物科學發展處
人文及社會科學發展處
科學教育發展處
國際合作處
綜合業務處
企劃考核處
秘書室
人事室
政風室
會計室
法規委員會
資訊小組
科學園區協調小組
國會聯絡組
所屬機關
科學工業園區管理局
中部科學工業園區管理局
南部科學工業園區管理局
管理機關
財團法人國家實驗研究院：
國家納米元件實驗室
國家實驗動物中心
國家地震工程研究中心
國家太空中心
國家高速網路與計算中心
國家晶片系統設計中心
儀器科技研究中心
科技政策研究與資訊中心
國家災害防救科技中心
台灣海洋科技研究中心
颱風洪水研究中心
科技部組織規劃
根據科技部組織法草案及相關組織法草案（“立法院”審查中）和組織改造小組的建議擬設：
業務及內部單位（司、處、會）：綜合規劃、自然科學及永續研究發展、生命科學研究發展、人文及社會科學研究發展、科技發展及國際合作、前瞻及套用科技、產業及園區業務司。人事、政風、主計、秘書、資訊處。法規會。
所屬機關：核能安全署→輻射偵測分署。北部、中部、南部科學工業園區管理局→中興新村高等研究園區。（另擬將核能研究所納入）
行政法人：國家災害防救科技中心。
財團法人：國家實驗研究所、國家同步輻射研究中心等。
