菲律賓國防政策，為了維護國家獨立，逐步擺脫對美國的軍事依賴，主張把東南亞地區建成一個“和平、自由和中立區”。1990年5月—1991年5月之間，菲律賓與美國就美駐菲軍事基地問題，進行了多達6輪的談判，雙方達成了初步協定：美軍基地協定期滿後，菲政府將接管克拉克空軍基地及其他4個軍事設施；蘇比克海軍基地廷長使用期7年。但是這一協定遭到菲議會的否決，菲政府遂於1991年12月31日正式宣布終止1949年菲美兩國簽訂的軍事基地協定，要求美軍事人員在1992年年底之前全部撤離蘇比克海軍基地。為減少因美軍撤離而給菲防務帶來的不利影響，菲制定了1991—2000年10年內用50億美元從多渠道購進先進武器裝備的計畫，以加快菲軍的現代化建設。與此同時，菲還積極發展同東協國家的軍事合作關係，以提高聯合防務能力。
