自殺質粒（suicide plasmid）：通常為R質粒的衍生質粒，常有宿主範圍廣的特點，具有接合轉移基因。它的複製需要一種特殊的蛋白，大多數細菌不產生這種蛋白質，因此，當進入寄主細胞時，要么不能複製，被消除，要么被整合入染色體上，和染色體一起複製。利用自殺質粒的這個特點，將基因工程技術構建的基因缺失的DNA片斷，克隆入自殺質粒，利用缺失基因兩端的同源片斷，定位自殺質粒的整合位點。利用同源性DNA片斷可發生重組的原理，構建精確基因缺失菌株。在多數情況下，利用自殺質粒，可隨心所欲缺失大多數基因的任何部分。
用自殺質粒系統構建基因缺失工程菌，關鍵在於選擇適當的自殺質粒，自殺質粒應具備以下條件：①自殺質粒在受體菌中不能複製；②自殺質粒必須帶有一個在整合到染色體內以後可供選擇的抗性標記；③自殺質粒帶有易於克隆的多克隆位點。
正常情況下整合入受體基因組後可以組成型表達病毒基因組基因，嚴重影響宿主基因組複製，最終導致宿主死亡並且產生大量的質粒釋放。故稱之為自殺性質粒。
另參見 自殺載體
