2006年10月，馬尾區政府在原址重建船政天后宮，主體工程於2008年初竣工，2009年4月18日新天后宮對外開放。 重建的福建船政天后宮建築總面積1500平方米，門樓高12米，總體布局為一軸二進二院的清代建築風格。一進為門樓，下中庭為戲台，上中庭為拜閣；二進為供奉媽祖及配神的大殿；後院為魁星閣。 為保持原來風格，船政天后宮上下中庭、大殿、魁星閣，全部採用波羅格木建造，中間雕花用香樟木刻成嵌上。因此，重建後的福建船政天后宮，不但是世界上惟一的船政天后宮，還是世界上惟一的木質天后宮。 天后宮供奉的神像由中國高級工藝美術師、工藝美術雕塑專家佘國平先生和愛女佘向群歷時一年，採用了福州傳統脫胎和礦物質顏料彩繪兩種工藝結合製作而成。湄州媽祖廟秘書長周金琰稱讚船政天后宮媽祖神像：“別具一格，超凡脫俗。”
