2021年5月6日,熊海清以第一作者身份在《Nature Methods》上發表的論文《染色質占據和轉錄組的單細胞聯合檢測可實現更高維的表觀基因組重建》(Single-cell joint detection of chromatin occupancy and transcriptome enables higher-dimensional epigenomic reconstructions),研究報導了一種新型高通量和高質量的名為CoTECH(combined assay of transcriptome and enriched chromatin binding)的單細胞雙組學技術,這個方法能夠同時在單個細胞中捕獲蛋白質-染色質互作和基因表達信息,以達到重構更高維度的單細胞表觀組全景的目的,幫助研究者更全面地認識與定義細胞狀態及細胞命運的決定。該論文的研究成果得到了2022年吳瑞獎學金評審委員會的高度認可。