《機動警察劇場版3廢棄物13號》是由高山文彥、遠藤卓司執導，田中敦子、平田廣明、綿引勝彥主演的電影。
一架隸屬於美國的運輸機墜落到東京灣，恐怖的經歷就此展開..數日後，接連發生的機器人被襲擊案件導致數名駕駛員的死亡，刑事久住武史和助手泰真一郎開始調查此案。在調查過程中，心不在焉的一郎認識了岬?子，對她產生了愛慕。襲擊事件仍舊繼續發生著，不僅是機器人，連普通人也有數人死於非命，而且在東京灣內，漁民發現了巨大的不明物體。在得知巴比倫基地發生怪異事件後，兩位刑事趕到基地，卻被一隻巨大的怪物追擊而險些喪命。此時，東都生物醫學研究所的所長似乎知道整件事情的來龍去脈，而久住武史和泰真一郎也追查到了這裡，他們發現岬?子原來是這裡的研究員，她的可疑之處頗多，而一郎也了解到?子悲慘的過去。經過努力，案情基本得到確認：怪物是實驗室的樣品，代號是“13號”。為了消滅怪物，各方決定協同作戰，並由特車2課第2小隊實行消滅任務！當13號落入圈套時，?子也選擇了結束生命，而一郎卻無法阻止這一切的發生......
