吳配基是高要縣水坑鄉人，是辛丑記名御史吳桂丹之幼子（庶母所生）。是原台灣中央研究院長吳大猷的叔父，前清已醜科翰林授職編修。配基自幼隨父寓居京、津肄業。與兄長，留學德國，得博士學位歸國，授職山東膠濟鐵路局工程師。討袁時，應孫中山先生之召返粵，與滇軍某部駐高要水坑吳家祠。其同事中有德國籍工程師和技術人員多人，並攜來探礦器械，一次率隊前往鼎湖的雞籠山，在塘坳溫家村小駐。其時，吳湛清亦隨同參加革命，進行探採礦石工作，當時採回礦苗標本不少。不久，他們開赴廣州，會合革命軍李烈鈞、李明揚等部，在廣州某街一座樓房設立研製武器彈藥機構。一次在同德國工程師們研製炸彈時，發生意外爆炸，樓宇炸毀坍塌，配基當場犧牲，時年27歲，葬於廣州黃花崗附近，立有碑誌。
