原位合成晶片是以美國 Affymetrix公司為代表製備的一類DNA晶片，採用顯微光蝕刻等技術，在晶片的特定部位原位合成寡核苷酸而製成。這種晶片的集成度較高，可達10萬~40萬點陣/平方厘米。但合成的寡核苷酸探針長度較短，一般為8~20個核苷酸殘基（nucleotide, nt），最長為50 nt。因此，對於一般長度的基因，需使用多個相互重疊的探針片段進行檢測，才能對基因進行準確地鑑定。雖然物理集成度高，但相對而言生物遺傳信息的集成度受到影響。
