本變種最早由Handel-Mazzetti發表,被歸入雲貴谷精草E. schochianum種下,並指出以花序較小,直徑約4毫米,毛被較短,總苞片截頭,苞片較狹,別於雲貴谷精草E. schochianum.這些特徵沒有涉及花部的主要結構,在谷精草屬的鑑別中多無重要價值。作者比較了兩者的模式標本,發現本變種雄花萼片基部明顯結合成筒,雌雄花冠不超出花萼,花冠裂片的腺體不明顯。雲貴谷精草 E. schochianum則以雄花萼片幾乎離生,雌雄花的花冠皆明顯超出花萼,花瓣有大而明顯的腺體為特徵。據此,本變種與南投谷精草E. nantoense Hayata (1921)較近。1939年Satake依據台灣標本發表的新種蓮花池谷精草E. trisectum,實際也是本變種,以後張慶恩在《台灣植物志》中把蓮花池谷精草E. trisectum降為南投谷精草 E. nantoense 的變種,是恰當的,鑒於parviceps的變種加詞早於trisectum,依照優先權原則作如上新組合。