內部控制制度設計原則是內部控制的原則套用於會計制度設計工作，這樣，就要求在安排會計記錄和處理程式時，使每一類經濟業務的記錄必須由兩人以上處理，使得每筆經濟業務記錄都得到相互檢查與核對。
因此，在內部控制制度設計時亦應遵循以下原則：(1)相互制約。處理每一項經濟業務的全過程，必須由兩人以上共同分工負責，彼此的工作可以相互對證，以起到相互牽製作 用。(2)會計獨立。資金實物形態的保管、處理必須與反映資金變化的記錄完全獨立開來。即會計工作與其他業務工作分開，會計部門不應與其他部門合併。經營財產實物的部門必須由管理當局受權。(3)記錄完備。在會計制度中從設計即應規定足夠的記錄對企業的經濟業務進行分類、整理、總結、監督，以保證企業所發生的所有重要的經濟業務都有詳細的記錄並反映在會計報表之中。這些記錄包括計畫予算定額標準、會計憑證、帳簿及各種輔助表格和會計報表。(4)稽核對證。會計部門要充分採用內部稽核方法，保證帳帳相符，控制實物和貨幣支出不超過預算定額，並要經常進行實物盤點，及時與帳簿記錄互相覆核對證。(5)內部審計。在企業中要建立獨立於會計部門之外的審計部門、對企業的會計記錄和會計報告、會計制度執行情況進行檢查和監督。
