內部控制制度弱點是指內部控制制度中所存在的，可以導致發生差錯和弊端的問題。例如，會計和出納分工不清，是一項重大的弱點，往往可能導致核算上的差錯，工作中的漏洞，甚至可能出現貪污盜竊的情況。這種弱點對於今後帳目的實質性檢査將有重大的影響，因為實質性測試的規模與內部控制制度的健全程度成反比例。
制度越健全，則測試的工作量越小；反之，則越大。而且制度中的薄弱環節，往往是重點測試的所在，如弱點可能導致發生重大問題，則對於這些弱點有關聯的項目和業務，必須作更詳盡和深入的檢査。在實務工作中，對於這些弱點，必須製成控制弱點登記表。
