基本介紹
- 中文名：何柏毅
- 學位/學歷：博士
人物經歷,研究方向,代表論文,
人物經歷
2014年獲美國耶魯大學物理學學士學位。
2019年獲美國哈佛大學套用物理學博士學位。
2019年至2023年在史丹福大學從事博士後工作。
2023年加入西湖大學工學院。
研究方向
微生物群落對宿主的健康產生廣泛且重要的影響，其工程是改善宿主健康的重要工具。實驗室通過結合數學模型和高通量實驗將微生物組改造變為量化工程。
為了設計微生物群的組成和功能，建立理論和實驗工具來剖析複雜的群落，重點關注於人類腸道菌群：
- 廣泛微生物群的物種豐度表現出特殊的時間波動，這些波動可以通過資源競爭的數學模型來重現（Ho et al，eLife 2022）。利用這關係來推斷各種微生物群的動態啟動因素。
- 構建了一個兼具高度多樣性和明確性的模式群落，此群落可重複性地定植於小鼠腸道，而且被模式群落或人類糞便群落定植的小鼠在表型上是相似的（Cheng et al, Cell 2022）。量化此模式系統中各物種的相互作用。
微生物通過許多機制進行互動，包括資源競爭、代謝交叉和環境調控。利用群落組裝實驗、代謝組學、基因組學和數學模型把個別的機制解開。
- 通過單個腸道菌種的代謝組學來預測體外的群落動態（Ho et al，bioRxiv 2022）。運用類似方法來研究複雜環境中和進化過程中的微生物相互作用。
- 抗生素作用可以影響物種間的資源競爭，反之亦然，這種相互作用可以導致多種抗生素之間的協同或抑制作用（Newton et al，Nat Commun. 2023）。使用高通量篩選實驗測試這些模型預測，並利用它們來設計群落動態。
代表論文
1. Ho P*+, Nguyen TH*, Sanchez JM, DeFelice BC, and Huang KC+.“Resource competition predicts in vitro assembly of gut bacterial communities. bioRxiv (in review).
2. Newton DP, Ho P+, Huang KC+.“Modulation of antibiotic effects on microbial communities by resource competition.”Nat Commun. 2023.
3. Cheng AG*, Ho P*, …, Huang KC, and Fischbach MA.“Design, construction, and in vivo augmentation of a complex gut bacterial community. Cell, 185:3617-3636 (2022).
4. Ho P, Good BH, and Huang KC.“Competition for fluctuating resources reproduces statistics of species abundance over time across wide-ranging microbiotas.eLife, 11:e75168 (2022).
5. Ho P, Martins BMC, and Amir A.A mechanistic model for the regulation of cell division timing by the circadian clock in cyanobacteria. Biophysical Journal, 118:2905-2913 (2020).
6. Ho P, Lin J, and Amir A.“Modeling cell size regulation: From single-cell level statistics to molecular mechanisms and population level effects. Annual Review of Biophysics, 47:251-271 (2018).
