PubMed

PubMed 是一個提供生物醫學方面的論文搜尋以及摘要，並且免費搜尋的資料庫。它的資料庫來源為MEDLINE。其核心主題為醫學，但亦包括其他與醫學相關的領域，像是護理學或者其他健康學科。

基本介紹

• 外文名：PubMed
• 服務內容：提供生物醫學和健康科學領域的文獻搜尋服務

簡介

PubMed是一個免費的MEDLINE資料庫，提供生物醫學和健康科學領域的文獻搜尋服務。MEDLINE是當今世界上最權威的文摘類醫學文獻資料庫之一，1996年起向公眾開放。而PubMed是網際網路上使用最廣泛的免費MEDLINE檢索工具，是美國國家醫學圖書館(NLM)所屬的國家生物技術信息中心(NCBI)於2000年4月開發的一個基於WEB的生物醫學信息檢索系統,也是NCBI Entrez資料庫查詢系統中的一個。PubMed資料庫包含超過3200萬篇生物醫學文獻和摘要。不提供期刊文章的全文，但是通常會附有指向全文的連結。PubMed系統的特徵工具列提供輔助檢索功能、側欄提供其它檢索如期刊資料庫檢索、主題詞資料庫檢索和特徵文獻檢索。提供原文獲取服務免費提供題錄和文摘，可與提供原文的網址連結，提供檢索詞自動轉換匹配，操作簡便、快捷。。

資料庫

PubMed的數據主要來源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied bypublisher等。數據類型：期刊、綜述、以及與其它資料庫連結。與MEDLINE資料庫相比，PubMed具有收錄範圍更廣、界面更友好、文獻報導速度快等優點。

MEDLINE收錄1966年以來的包含醫學、護理、獸醫、健康保健系統及前臨床科學的文獻1600萬餘條書目數據（2005年數據），記錄的標記為[PubMed-indexed for MEDLINE]。這些數據來源於70多個國家和地區的4800多種生物醫學期刊，近年數據涉及30多個語種，回溯至1966年的數據涉及40多個語種，90%左右為英文文獻，70%~80%的文獻有著者撰寫的英文摘要。

In Process Citations:1996年8月開始，每天收錄由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未經過規範化處理的數據，該庫中的記錄只具有簡單的書目信息和文摘、記錄標記為[PubMed-in process]。當該庫中數據被標引MeSH詞、文獻類型及其他數據時，每星期轉入MedLine一次，而被處理前的數據從該資料庫中刪除。

OLDMEDLINE：含1950年至1965年期間發表的200萬篇生物醫學文獻。OldMedline的記錄沒有MeSH欄位和摘要，記錄的標記為：[PubMed-OLDMEDLINEfor Pre1966]。

Publisher-SuppliedCitations （Articles Not in MEDLINE or IN Process）:是由出版商提供的電子文獻，每條記錄標有[PubMed – as supplied by publisher]。這些文獻包括兩種來源： MEDLINE收錄範圍的文獻，每日被添加到InProcess Citation中去，換上[PubMed – in process]的標記，並賦予一個MEDLINE的數據識別號UI；不屬於MEDLINE收錄範圍的文獻則只有PubMed數據識別號PMID而沒有MEDLINE UI。

服務項目

• Journal Database： 可通過輸入期刊刊名、ISSN或Medline刊名縮寫查詢期刊的出版資訊。
• MeSH Database：點選此功能後，在檢索欄位中輸入欲查詢的辭彙，可瀏覽PubMed資料庫中所使用控制辭彙。
• Single Citation Matcher：使用欄位化的檢索方式，找尋特定刊名、卷期、作者、篇名的文獻資料。
• Batch Citation Matcher：以指令式的方式批次檢索資料庫中相關的文獻，只要輸入刊名、年代、卷期、起始頁、作者名、關鍵字其中部分欄位資料即可。
• Clinical Queries: 臨床病理資料，本功能提供臨床病理資料之查詢，並依Haynes RB等專家所制訂的最佳化檢索策略之機制，使用者可先行選擇檢索方向，如：治療方式(Therapy)、診斷方式(Diagnosis)、病因(Etiology)、預後狀況(Prognosis)其中的一類，並可選擇預期之檢索結果是較具相關性(sensitivity)或精確率(specificity)較高的。
• LinkOut：LinkOut為PubMed提供使用者連結外部網路資源之功能選項，連結內容包括國外圖書館館藏目錄、線上電子全文、書目資料庫清單、消費者健康資訊、研究參考資料等資訊。如有外部資源的連結，使用者可在PubMed摘要書目中看到LinkOut此一選項。
• 免費個人化檢索服務—My NCBI：在MY NCBI服務頁建立個人檢索賬號/密碼後，即可使用個人化檢索服務，該服務提供儲存/刪除檢索結果、My LinkOut設定及文獻傳遞等個人化服務。

檢索方法

PubMed的檢索方式有基本檢索、高級檢索、主題詞檢索、期刊檢索、臨床查詢、單篇引文匹配等，最核心的檢索技術是自動語詞匹配。

• 基本檢索方式支持的檢索技術

1、布爾邏輯檢索

語句：AND OR NOT

直接輸入多個單詞，默認空格為AND，如diabetes HbA1c

複雜運算則AND不能省略（HbA1c OR IGT）AND diabetes

運算符大小不忌，默認順序從左到右，可用括弧改變順序diabetes and（HbA1c OR IGT）

2、欄位限定

1）正確格式：檢索詞[欄位名]

如diabetes[TI]

2)[AU]著者檢索構詞規則：姓全稱在前，名首字母在後

如張三——ZhangS

3)2002年後錄入作者全名，欄位名為[FAU]

Steven R Smith[FAU]

4)短語檢索

“”精確檢索，不改變順序與位置。完全按“”內的內容檢索

5)截詞檢索

*多放單詞後方，如retrie*包含retrie在內的所有單詞，如retrieve、retrieval

6)自動語詞匹配：

系統對輸入的檢索詞，會進行自動語詞匹配處理，努力實現檢索詞的最大語義轉換，轉換結果會在detail中顯示

轉換遵循以下三個規則

1）對於輸入檢索框的檢索詞，系統首先在多個轉換表（MeSH主題詞、刊名、作者轉換表）中進行搜尋比對，並自動轉換為相應的主題詞、著者、刊名。如輸入new england journal of medicine，將自動轉換為”N Engl JMed”[Journal]；輸入vitamin h，將自動轉換為”biotin”[MeSH Terms]

2）再將檢索詞在全部欄位（all fields）中進行檢索，並執行OR布爾邏輯運算。如輸入vitamin h，將自動轉換為”biotin”[MeSH Terms]OR ”biotin” [All Fields] OR “vitamin h” [All Fields]

3）若輸入多個檢索詞或短語詞組，系統會繼續將其拆分為單詞後按照1和2分別進行檢索，單詞之間布爾邏輯運算為AND。輸入single cell，將自動轉換為(”single person”[MeSH Terms] OR “single”[All Fields] OR “person” [All Fields] OR “single person” [All Fields] OR“single” [All Fields]) AND (“cells”[MeSH Terms] OR ”cells” [All Fields] OR“cells” [All Fields] OR “cell” [All Fields])

• 主題檢索：在PubMed主頁的檢索框中鍵入英文單詞或短語（大寫或小寫均可）， PubMed即使用其辭彙自動轉換功能進行檢索，並將檢索結果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入“vitamin c common cold”後回車或點擊“Go”，PubMed開始檢索並將檢索結果顯示出來。可以在主題詞表中自行點選最符合要求的主題詞，默認為第一個，還可設定副主題詞和更多加權檢索和擴展檢索
• 著者檢索：當所要查詢的是著作者時，在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為“著者姓 空格 名字首字母縮寫”，例如smith ja，系統會自動到著者欄位去檢索，並顯示檢索結果。
• 刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，系統將在刊名欄位檢索，並顯示檢索結果。
• 日期或日期範圍檢索：可以在檢索框中鍵入日期或日期範圍，系統會按日期段檢索，並將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08。也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。
• 檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta（或jsubsetd，或jsubsetn），如：neoplasm AND jsubseta。可供檢索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus（有120種重要核心期刊）、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。
• 檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。

PubMed是NCBI Entrez 數個資料庫查詢系統下中的一個。

PubMed 是提供免費的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關資料庫接入服務，MEDLINE是一個擁有1億字條的巨大資料庫。PubMed也包含著與提供期刊全文的出版商網址的連結，來自第三方的生物 學數據，序列中心的數據等等。PubMed提供與綜合分子生物學資料庫的連結與接入服務，這個資料庫歸NCBI所有，其內容包括：DNA與蛋白質序列，基因圖數據、3D蛋白構象，人類孟德爾遺傳線上。

檢索注意事項：

1. 檢索詞：多選/漏選/漏選，需要依據專業知識背景來判斷檢索題目中的中心詞（該題少了這個詞，表達的意思會改變）。
2. 同義詞：對於沒有主題詞的概念，需要儘量找全同義表達，但也不是越多越好，此時需要一定的知識背景來判斷常用的同義表達都有哪幾個。沒有找到主題詞時，除了用同義詞，還可以用上位主題詞，但有局限性，檢索較寬泛。那么去哪裡找同義詞呢？一個較好的方法是在Title欄位檢索該詞，再在查出來的文章中查看其主題詞標引情況及其款目詞，借鑑學習。
3. 檢索途徑：根據自己的需求類型、檢索目的結合使用。
4. 檢索結果：檢索是一個動態的過程，需要評估每次檢索結果，數量和質量是否達到自己的目標，如果未達到，應進行重新檢索。

檢索漢化

漢化，讓中國的PubMed使用者儘量多的看到、使用自己更為熟悉的、美麗的中文。高級檢索頁面進行了漢化。檢索關鍵字進行了漢化提示。網路詞典集成檢索結果頁面集成了根據北京金葉天盛科技有限公司著名產品《新編全醫藥學大詞典》製作的網路詞典，對自己不熟悉的英語可以"雙擊"或"滑鼠選定"後查看網路詞典的翻譯結果。

特點

• 辭彙自動轉換功能（automatic term mapping）PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞，系統將按順序使用如下4種表達或索引，對檢索詞進行轉換後再檢索。
• MeSH轉換表（MeSH Translation Table）包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統在該表中發現了與檢索詞相匹配的詞，就會自動將其轉換為相應的MeSH詞和TextWord詞（題名詞和文摘詞）進行檢索。
• 刊名轉換表（Journal Tanslation Table）包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號。該轉換表能把鍵入的刊名全稱轉換為“MEDLINE縮寫[Journal Nanme]”後進行檢索。如：在檢索提問框中鍵入：“new england journal of medicine”，PubMed將其轉換為“N Eng1 J Med [JournalName]”後進行檢索。
• 短語表（Phraselist）該表中的短語來自MeSH、含有同義詞或不同英文辭彙書寫形式的統一醫學語言系統（UMLS：Unified Medical Language System）和補充概念（物質）名稱表[Supplementary Concept （Substance）Namd]。如果PubMed系統在MeSH和刊名轉換表中未發現與檢索詞相匹配的詞，就會查找短詞表。

第三方PubMed

GoPubmed

GoPubMed是德國2006年創建2008年成熟推出對PubMed進行語義智慧型檢索、分類導航和深度開發的體現嶄新思維的網路檢索工具,也是一種對檢索結果進行多維統計分析的軟體.通過它用戶可以節省90%以上的網上搜尋時間.檢索者可以很快了解檢索到文獻的概貌和該研究領域的研究態勢,如論文作者的研究軌跡、論文的年度分布、全球核心作者及核心期刊、合著者可視化關係網路圖以及作者分布世界地圖等等.

PubMed-cn

PubMed-cn為丁香園旗下網站，專業的醫學文獻資料庫，其數據每天與美國的NCBI數據中心同步一次。用戶在檢索文獻時，可以立即看到該文獻影響因子；用戶可以在期刊資料庫查詢影響因子變化趨勢、投稿指南、投稿經驗等相關的信息。並且PubMed-cn提供國家自然科學基金查詢，分析各個地區中標率，熱門學科，是申請NSFC的好幫手。

PubMed-cn結構